同济大学生物信息学系2015级免试研究生招收启事

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同济大学生物信息学系2015级免试研究生招收启事

你有很好的数理统计基础而且想做一些与生物医疗相关的研究吗？
你有很好的计算机背景而且对大数据挖掘感兴趣吗？
你有很好的生物背景而且想对癌症诊断治疗有所贡献吗？
希望你考虑到同济大学生物信息系刘小乐教授联合实验室来上研究生！

刘小乐博士是美国哈佛大学终身教授、教育部“长江学者”讲座教授、中组部“千人计划”入选者，是国际生物信息学界的领军人物。我们致力于开发高通量生物数据的统计模型和计算方法，目标是通过对生物大数据的收集和信息挖掘，揭示干细胞分化潜力的机理，识别治疗癌症药物的有效靶点，以及发展个体化疾病诊断和治疗上的新方法。

个体化医疗为癌症的攻克带来了曙光。在未来，我们可以通过基因组诊断技术，找到癌症患者的致病突变进而最有效地组合药物，实现个体化的复方药物治疗而减少病人的副作用和抗药性。但是，当前仍有不少技术难题摆在我们面前，例如：如何从海量的数据中挖掘出最有参考价值的信息？怎样有效地设计个体化复方药物？关键的致癌基因和药物下游靶向是什么？如何在调控这些基因的同时避免可能的毒副作用？这些问题的解决将是实现个体化医疗的关键之一，有着很大的应用价值，亟待我们去解决。

我们的研究团队具有国际前沿的科研水平，发表相当数量的高水平论文（35篇论文发表在Nature, Science, Cell系列杂志），与国内外顶尖的实验室保持紧密的合作关系。论文数量上已经达到了130多篇。实验室承担多个国内外重大专项课题，并与几家世界顶级制药公司拥有长期的合作关系。并且实验室每年选拔几名优秀的研究生去哈佛大学深造，毕业生在学术或工业界都有很好的前景。如果你对我们的研究方向感兴趣，我们欢迎你加入我们激动人心的研究，对人类健康做出贡献。

目前，实验室有三个大的研究方向，计算生物学，表观遗传学和癌症。计算生物学方面，我们关注的问题有大数据的整合，算法和流程分析的开发以及Cistrome网络的构建。对于表观遗传学，我们主要从三个方面进行研究，生命活动过程中染色质的动态变化，有哪些染色质调控因子发挥作用以及RNA相结合的蛋白质。在癌症方向，我们关注的问题包括lncRNA在癌症发生发展中扮演的角色，癌细胞对药物敏感性的变化，同时，我们也在利用一个新兴强大的技术CRISPR-Cas9，在癌细胞中进行大通量的筛选。

刘小乐老师指导过的同济大学的学生都有着很好的发展前途，毕业的硕士和博士有的进了美国一流大学继续深造，包括哈佛大学、南加州大学、加州大学洛杉矶分校等等，有的在国内高校研究机构找到了教职。

此外，实验室也很重视对学生国际视野的培养。在过去的五年里，同济大学这边10多名优秀的硕士生和博士生都去了哈佛大学进行为期8个月到两年的学习交流。

以下是在同济大学的主要科研成果：

刘小乐通讯作者，同济第一作者的文章：
A comprehensive view of nuclear receptor cancer cistromes. Tang et al., Cancer Res. (2011) [IF: 9.3]
Computational inference of mRNA stability from histone modification and transcriptome profiles. Wang et al., Nucleic Acids Res. (2012) [IF: 8.8]
Identifying ChIP-seq enrichment using MACS. Feng et al., Nat. Protoc. (2012) [IF: 7.8]
CistromeMap: A knowledgebase and web server for ChIP-Seq and DNase-Seq studies in mouse and human. Qin et al., Bioinformatics. (2012) [IF: 4.6]
GFOLD: a generalized fold change for ranking differentially expressed genes from RNA-seq data. Feng et al., Bioinformatics. (2012) [IF: 4.6]
Integrative genomic analyses reveal clinically relevant long noncoding RNAs in human cancer. Du et al., Nat. Struct. Mol. Biol. (2013) [IF: 11.6]
Target analysis by integration of transcriptome and ChIP-seq data with BETA. Wang et al., Nat. Protoc. (2013) [IF: 7.8]
CistromeFinder for ChIP-seq and DNase-seq data reuse. Sun et al., Bioinformatics. (2013) [IF: 4.6]
Canonical nucleosome organization at promoters forms during genome activation. Zhang et al., Genome Res. (2014) [IF: 13.9]
CR Cistrome: a ChIP-Seq database for chromatin regulators and histone modification linkages in human and mouse. Wang et al., Nucleic Acids Res. (2014) [IF: 8.8]
CaSNP: a database for interrogating copy number alterations of cancer from SNP array data. Cao et al., Nucleic Acids Res. (2011) [IF: 8.8]
Refined DNase-seq protocol and data analysis reveals intrinsic bias in transcription factor footprint identification. He et al., Nat. Methods. (2014) [IF: 26.0]
MethylPurify:tumor purity deconvolution and differential methylation detecton from single tumor DNA methylomes. Zheng et al., Genome Biol. (2014) [IF: 10.5]

刘小乐通讯作者的文章：

Genome-wide analysis of histone modifications: H3K4me2, H3K4me3, H3K9ac, and H3K27ac in oryza sativa L. japonica. Du et al., Mol Plant. (2013) [IF: 6.6]

同济第一单位的文章：

DiNuP: a systematic approach to reveal differential nucleosome positioning. Fu et al., Bioinformatics. (2012) [IF: 4.6]
A systematic approach identifies FOXA1 as a key factor in the loss of epithelial traits during the epithelial-to-mesenchymal transition in lung cancer. Wang et al., BMC Genomics. (2013) [IF: 4.0]

其他：

PHF8 and REST/NRSF co-occupy gene promoters to regulate proximal gene expression. Wang et al., Sci Rep. (2014)[IF: 5.1]
The histone H3 Lys 27 demethylase JMJD3 regulates gene expression by impacting transcriptional elongation. Chen et al, Gene & Dev. (2012) [IF: 12.6]
XBP1 sustains tumor initiating cells in triple negative breast cancer by controlling the hypoxia response. Chen et al, Nature (2014) [IF: 42.4]
JARID1B is a luminal lineage-driving oncogene in breast cancer. Yamamoto et al, Cancer Cell (2014) [IF: 23.9]
SOX2 and p63 colocalize at genetic loci in squamous cell carcinomas. Watanabe et al, J Clin Invest (2014) [IF: 13.8]

招生条件：
1.        有志于从事生命科学研究的2015年应届本科毕业生，本科专业为理工科（生物、数学、物理、化学、计算机、工程等），并能获得所在学校推免资格（不区分内保和外保）；
2.        诚实守信、学风端正，学术研究兴趣浓厚，有较强的创新意识、创新能力和专业能力倾向；
3.        通过大学英语六级考试，有较高编程水平者优先考虑。

申请材料：个人简历或个人情况陈述, 本科阶段成绩单及排名证明，国家英语六级证书复印件。

联系方式：有意向的同学请将报名材料在2014年10月1日之前发送至陈玛玲老师chenmaling0sw@gmail.com，邮件名称请注明：2015年推免生申请。